При наличии переплаты на ЕНС, был недоплачен НДФЛ. Положительное сальдо ЕНС больше суммы недоплаты НДФЛ. Будет ли рассчитана пеня в таком случае?

Обязанность по уплате налога считается исполненной (частично исполненной) налогоплательщиком со дня перечисления денежных средств в качестве единого налогового платежа в бюджетную систему РФ или со дня признания денежных средств в качестве единого налогового платежа при наличии на соответствующую дату учтенной на едином налоговом счете совокупной обязанности в части, в отношении которой может быть определена принадлежность таких сумм денежных средств в соответствии с п. 8 ст. 45 НК РФ (пп. 1 п. 7 ст. 45 НК РФ).

Пени начисляются за каждый календарный день просрочки исполнения обязанности по уплате налогов начиная со дня возникновения недоимки по день (включительно) исполнения совокупной обязанности по уплате налогов (п. 3 ст. 75 НК РФ).

Таким образом, на дату представления уточненного уведомления будет считаться, что обязанность по уплате налога в части суммы уточнения не исполнена., 

В рассматриваемой ситуации сальдо положительное и перекрывает сумму доплаты. 

С 1 января 2023 г. по 31 декабря 2024 г. включительно пеня не начисляется на недоимку в размере, не превышающем величину положительного сальдо ЕНС (в соответствующий день), увеличенную на сумму, зачтенную в счет предстоящей обязанности лица по уплате налога, сбора, страховых взносов. Данное положение позволяет организации (ИП) в 2023, 2024 г. г. избежать пеней в ситуациях, когда положительное сальдо есть, но при формировании уведомления об исчисленных налогах допущена ошибка или уведомление по каким-то причинам не направлено (Постановление Правительства РФ от 29.03.2023 N 500).