Минфин в Письме от 22.06.2018 N 03-07-11/42820 рассмотрел ситуацию: стороны заключали договор, когда поставщик еще был на общей системе налогообложения, а после его перехода на УСН не внесли необходимые изменения в договор. Минфин отметил, что выделение в договоре в составе стоимости товаров (работ, услуг) и в платежном поручении на их оплату сумм НДС не влечет обязанности поставщика на УСН сдать декларацию по НДС и перечислить налог в бюджет. Такая обязанность возникает только в случае выставления покупателю счета-фактуры с выделенным налогом. Если такого счета-фактуры нет, то и обязанности по уплате НДС у налогоплательщика на УСН тоже нет.
На заметку: об обязанностях «упрощенца», который выставил счет-фактуру с выделенной суммой НДС, читайте в обзоре «"Упрощенец" выставляет счет-фактуру: Минфин о налоговых последствиях».
Полный текст документа смотрите в СПС КонсультантПлюс