Уплатить НДС и подать по нему декларацию нужно, если плательщик УСН выставил счет-фактуру с выделенной суммой налога, в том числе по полученному авансу (подп. 1 п. 5 ст. 173 НК РФ).
В Письме от 26.05.2023 N СД-4-3/6648 ФНС России разъяснила, что обязанность по уплате НДС возникает только в случае выставления продавцом счета-фактуры с выделенной суммы НДС. Если продавец выставляет в адрес заказчика только первичные учетные документы (например, КС-2 и КС-3) с выделенной в них суммой НДС без выставления счета-фактуры, то обязанности по уплате НДС у продавца на УСН не возникает.
На заметку: в каких случаях при УСН нужно уплатить НДС и подать по нему декларацию, рассказано в Готовом решении: Учет НДС при УСН (КонсультантПлюс, 2023).
Ошибочное указание НДС в первичных документах компанией (ИП), применяющей УСН, может расцениваться судом как неосновательное обогащение. Подробнее об этом рассказано в Статье: НДС в договоре, или Как продавец-"упрощенец" пытался доказать, что это ошибка (Луговая Н.Н.) ("НДС: проблемы и решения", 2023, N 6) {КонсультантПлюс}.
Читайте подробнее