ФНС России направила рекомендации по выездным налоговым проверкам на основе судебной практики

ФНС в целях единообразного применения норм НК РФ в связи со сложившейся судебной практикой в Письме от 07.06.2018 N СА-4-7/11051@ направила нижестоящим налоговым органам рекомендации по проведению выездных налоговых проверок.
Учитывая подход судей, ФНС отмечает следующее:
1. В ходе выездных проверок возможен пересмотр выводов, которые сделаны по результатам камеральных проверок.
Поскольку выездные налоговые проверки являются самостоятельной формой налогового контроля, то независимо от выводов, содержащихся в ранее принятых налоговым органом решениях по результатам камеральных проверок, в том числе выводов об обоснованности возмещения НДС, по итогам выездной проверки налогоплательщику может быть вменена недоимка по налогу. В качестве примера, подтверждающего такую позицию, ФНС приводит Постановление Президиума ВАС РФ от 31.01.2012 N 12207/11 по делу N А33-10298/2010.
ФНС не исключает выявления при проведении выездной проверки (как более углубленной формы налогового контроля) таких нарушений, которые не были обнаружены при проведении камеральной проверки (Определение КС РФ от 10.03.2016 N 571-О).
2. В случае доначисления в рамках выездной налоговой проверки иных налогов налоговый орган должен скорректировать налоговые обязательства по налогу на прибыль.
ВС РФ в своих определениях пришел к выводу о том, что по смыслу ст. 89 НК РФ налоговый орган, доначислив по результатам выездной налоговой проверки прямые налоги, обязан уменьшить налоговую базу по налогу на прибыль организаций на сумму доначисленного налога при условии, что налог на прибыль организаций входит в предмет выездной налоговой проверки (определения ВС РФ от 30.11.2016 N 305-КГ16-10138 по делу N А40-126568/2015 и от 26.01.2017 N 305-КГ16-13478 по делу N А40-159258/2015).
Суды также отклоняют доводы налоговых органов о том, что у налогоплательщиков есть право самостоятельно уменьшить налоговую базу по налогу на прибыль с учетом доначисленных сумм иных налогов путем подачи уточненных деклараций. Судьи отмечают, что целью проведения выездной налоговой проверки является в том числе установление действительных налоговых обязательств проверяемого налогоплательщика (Определение ВАС РФ от 15.04.2011 N ВАС-4100/11 по делу N А76-39977/2009-41-862/169).
Кроме того, Верховный суд  указывает, что при отсутствии права на налоговые вычеты налогоплательщик сохраняет право на учет «входного» НДС в расходах по налогу на прибыль, из чего следует, что не должна возникать ситуация, при которой доначисление налога на прибыль будет сделано без учета обязательств по НДС (Определение от 21.02.2017 N 305-КГ16-14941 по делу N А40-89628/2015).
В связи со сложившейся судебной практикой ФНС отозвала рекомендации п. 1 своего письма от 29.08.2011 N АС-4-2/14018.
3. Налоговый орган вправе, но не обязан учитывать факты подачи уточненных налоговых деклараций после составления акта выездной налоговой проверки, сохраняя свое право на последующие мероприятия налогового контроля.
При принятии решения об учете уточненных налоговых обязательств при вынесении решения по результатам выездной налоговой проверки ФНС рекомендует налоговым органам учитывать объем и характер уточняемых налогоплательщиками сведений, которые должны позволить установить фактические налоговые обязательства налогоплательщика и принять законное и обоснованное решение по результатам налоговой проверки (Определение ВС РФ от 13.09.2016 N 310-КГ16-5041 по делу N А09-6785/2013).
Также Верховный суд отметил, что налогоплательщик вправе произвести перерасчет налоговой базы и суммы налога за налоговый (отчетный) период, в котором ошибки были выявлены, если допущенные ошибки (искажения) привели к излишней уплате налога. В этом случае ошибка в определении налоговой базы и суммы налога не приводит к нарушению интересов казны. Соответственно, исправление такой ошибки посредством отражения исправленных сведений в текущей налоговой декларации признается допустимым (уточненку подавать не нужно). При этом предполагается, что к моменту исправления ошибки не истек трехлетний срок возврата (зачета) переплаты, учитывая, что лишь в течение указанного срока налогоплательщик вправе распоряжаться соответствующей суммой излишне уплаченного в бюджет налога (Определение ВС РФ от 19.01.2018 N 305-КГ17-14988 по делу N А41-17865/2016).