Сколько сотрудник может быть на больничном листе? Есть ли какие то максимальные сроки?  Ситуация такова что сотрудник находился сначала в коме, вышел из неё, но реабилитация может продолжать более года... и вообще неясно сможет ли он потом работать..., что делать мне как кадровику?

Максимальный срок больничного листа - 12 месяцев.
По истечении максимального срока больничного листа работника направляют на медицинскую комиссию, которая принимает решение либо об установлении инвалидности или же о повторном продлении больничного листа вплоть до восстановления трудоспособности. При этом период, необходимый для возврата к трудовой деятельности, определяется медицинской комиссией, а сам пациент должен будет по-прежнему каждые 15 дней являться к своему лечащему врачу для оценки результатов лечения. По истечении срока, установленного комиссией, больничный должен быть закрыт, либо больной будет направлен на повторную экспертизу для установления инвалидности.
Пока работник не выйдет на работу никаких действий кадровик не предпринимает, поскольку отношения на время отсутствия работника в связи с нетрудоспособностью не прекращаются.  Если работник выйдет на работу, то всё будет зависеть от того в каком статусе он будет пребывать (например, дадут инвалидность).
Согласно абз. 3 п. 13 Порядка N 624н по решению врачебной комиссии при благоприятном клиническом и трудовом прогнозе листок нетрудоспособности может быть выдан в установленном порядке до дня восстановления трудоспособности, но на срок не более 10 месяцев, а в отдельных случаях (травмы, состояния после реконструктивных операций, туберкулез) - на срок не более 12 месяцев, с периодичностью продления по решению врачебной комиссии не реже чем через 15 календарных дней.
В силу п. 27 Порядка N 624н граждане, имеющие стойкие ограничения жизнедеятельности и трудоспособности, нуждающиеся в социальной защите, направляются на медико-социальную экспертизу (далее - МСЭ) по заключению врачебной комиссии, в частности:
- при очевидном неблагоприятном клиническом и трудовом прогнозе вне зависимости от сроков временной нетрудоспособности, но не позднее четырех месяцев от даты ее начала;
- при благоприятном клиническом и трудовом прогнозе - не позднее 10 месяцев с даты начала временной нетрудоспособности при состоянии после травм и реконструктивных операций и не позднее 12 месяцев при лечении туберкулеза либо гражданин выписывается к занятию трудовой деятельностью.
При установлении инвалидности срок временной нетрудоспособности завершается датой, непосредственно предшествующей дню регистрации документов в учреждении МСЭ. При этом временно нетрудоспособным лицам, которым не установлена инвалидность, листок нетрудоспособности может быть продлен по решению врачебной комиссии до восстановления трудоспособности с периодичностью продления листка нетрудоспособности по решению врачебной комиссии не реже чем через 15 дней или до повторного направления на МСЭ (п. п. 28, 29 Порядка N 624н).
Таким образом, листок нетрудоспособности может быть выдан на срок не более 12 месяцев. Если после истечение максимального для конкретной ситуации срока больничного не произошло полного восстановления трудоспособности пациента, и он не готов пока вернуться к полноценной трудовой деятельности, он направляется для проведения медико-социальной экспертизы (МСЭ). Ее целью является установление признаков, позволяющих присвоить пациенту соответствующую группу инвалидности. В случае если такие признаки были установлены, и больной признан инвалидом, листок нетрудоспособности будет закрыт датой, предшествующей его поступлению на экспертизу.
Если же по результатам рассмотрения специальной комиссией признаков, достаточных для признания пациента инвалидом, не установлено, его больничный будет продлен вплоть до восстановления трудоспособности. При этом период, необходимый для возврата к трудовой деятельности, определяется медицинской комиссией, а сам пациент должен будет по-прежнему каждые 15 дней являться к своему лечащему врачу для оценки результатов лечения.
По истечении срока, установленного комиссией, больничный должен быть закрыт, либо больной будет направлен на повторную экспертизу для установления инвалидности.