Мы на УСН 6% оказываем услуги соответственно без НДС. Если вдруг нам придется оказать услуги на сумму в т.ч. НДС 20%, то тогда придется выставить счет-фактуру, сдать декларацию по НДС и заплатит НДС в бюджет? Мы не слетим же с УСН из-за этого? Это будет считаться для ИФНС чем-то странным и подозрительным?

 Продавцам на УСН счет-фактуру контрагентам выставлять не нужно (кроме отдельных случаев).

Но вы можете добровольно выставить счет-фактуру с НДС покупателям и заказчикам, которые хотят получить вычет по этому налогу. Тогда вам нужно будет заплатить налог в бюджет и сдать электронную декларацию по НДС.

Срок - не позднее 25-го числа первого месяца следующего квартала (Письмо ФНС от 15.09.2016 N ЕД-4-15/17338).

В декларации заполните строку 030 разд. 1 по всем счетам-фактурам за квартал, а разд. 12 - по каждому счету-фактуре. Строки 040 - 080 разд. 1 не заполняйте.

Принять к вычету НДС нельзя. Но оплату, полученную от покупателя, учтите в доходах за вычетом НДС (Письма Минфина от 11.01.2018 N 03-07-14/328, от 21.04.2016 N 03-11-11/22923).

ИФНС не расценивает это, как странную или подозрительную операцию.