В Налоговом кодексе есть некая неопределенность в отношении вопроса, когда можно предъявить к вычету НДС, уплаченный при ввозе товаров из стран ЕАЭС. Налоговики отстаивают позицию, по которой принять такой НДС к вычету можно тогда, когда на заявлении о ввозе проставлена отметка налогового органа. Однако, положения статьи 172 НК РФ формально позволяют принять к вычету НДС в том налоговом периоде, когда товар принят к учету при условии, что он уплачен в бюджет.

 Для принятия НДС к вычету необходимо заявление о ввозе с отметками налоговой инспекции зарегистрировать в книге покупок за тот квартал, в котором инспекция подтвердила уплату налога. Это следует из совокупности норм п. 1 ст. 172 НК РФ, п. 1, пп. 'е' п. 6 Правил ведения книги покупок. Так же данное мнение отражено и в  Письме Минфина России от 02.07.2015 N 03-07-13/1/38180 и Постановлении Девятого арбитражного апелляционного суда от 28.09.2017 N 09АП-39939/2017 по делу N А40-58746/17.

Организации на ОСН, не освобожденные от НДС, могут принять к вычету НДС, уплаченный при ввозе товаров из Белоруссии, Казахстана или другой страны ЕАЭС. Ввезенный товар должен быть приобретен для операций, облагаемых НДС, и принят к бухгалтерскому учету (п. 26 Протокола о взимании косвенных налогов, п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ, Письмо Минфина от 26.02.2016 N 03-07-08/10882).

 НДС можно принять к вычету не ранее квартала, когда ИФНС проставит отметку об уплате налога в вашем заявлении о ввозе товаров и уплате косвенных налогов (Письма Минфина от 15.02.2017 N 03-07-13/1/8409, от 02.07.2015 N 03-07-13/1/38180).

Для этого заявление о ввозе с отметками налоговой инспекции зарегистрируйте в книге покупок за тот квартал, в котором инспекция подтвердила уплату налога (п. 1 ст. 172 НК РФ, , п. 1, пп. 'е' п. 6 Правил ведения книги покупок, Письмо Минфина России от 02.07.2015 N 03-07-13/1/38180).