Продавец имеет право выставить счет на оплату аванса по ставке НДС 20% до 1 января 2019 года, а покупатель имеет право перечислить предоплату с учетом новой ставки НДС 20% еще до наступления 2019 года.
В пункте 1.1 Письма ФНС России от 23.10.2018 N СД-4-3/20667@ указано:
В случае если до 1 января 2019 года поставщиком получена предоплата с учетом налога, исчисленного исходя из налоговой ставки 20%, в счет предстоящих поставок товаров после 1 января 2019 года, то исчисление НДС с предоплаты на основании п. 4 ст. 164 НК РФ производится им по налоговой ставке 18/118%. В этом случае корректировочные счета-фактуры не составляются. При отгрузке указанных товаров (работ, услуг), имущественных прав начиная с 1 января 2019 года исчисление НДС производится по налоговой ставке 20%.
К вычету продавец может принять только фактически исчисленный налог, то есть нужно исходить из прежней ставки.
На заметку: разъяснения ФНС по другим переходным ситуациям читайте в обзоре «ФНС разъяснила, какую ставку НДС применять по сделкам, переходящим на 2019 год».